Alguns Clãs de diversos vilarejos em Naruto possuem Linhagem Sanguínea Avançada, ou seja, eles tem habilidades especiais que os diferenciam dos outros clãs, como por exemplo o Sharingan do Clã Uchiha, e o Byakugan do Clã Hyuuga. A linhagem sanguínea avançada é passada de geração a geração dentro dos clãs. O Sharingan e o Byakugan, são exemplos de habilidades derivadas da linhagem sanguínea avançada.
Exemplos de Linhagem Avançada:

Akudou Yoroi - Drenagem de Chakra É uma Linhagem Sanguínea Avançada Simples, porém devastadora, apenas Akudou Yoroi pode usá-lo na série toda, ele usa as palmas das mãos para drenar o chakra do adversário.

Uchiha Sharingan O Sharingan é uma linhagem sanguínea avançada que atua na pupila de quem a possui. É uma habilidade que pode copiar as técnicas do inimigo, mas é inferior ao Byukugan, até porque o Clã Uchiha teve sua origem no Clã Hyuuga.
Ps.: O Kakshi não é Uchiha, mas adquiriu o Sharingan através de outros métodos.

Hyuuga Byakugan A tradução de Byakugan é Olhos Brancos, é uma linhagem sanguínea avançada que apenas os membros do Clã Hyuuga podem obter. Ele é similar ao Sharingan e, apesar de ser superior, ele não pode copiar jutsus.

Clã koori O clã do Haku tem o poder de controlar a água, usando a mesma em forma de gelo em batalhas. Os membros do Clã do Haku também podem executar jutsus com apenas uma mão.

Clã Hoshigaki Os representantes desse clã são uma espécie de humano misturado com tubarão, e perto dos olhos eles possuem uma espécie de sensor que detecta o adversário. Os membros desse clã podem ficar embaixo da água sem respirar por um longo tempo.

Clã Kaguya O clã Kaguya é um clã que foi extinto em uma guerra com a vila oculta da névoa. A linhagem sanguínea avançada desse clã é que os ossos saem do corpo do usuário, e este pode usar isto como meio de ataque com armadilhas no chão, e se defender. Isso torna os membros do clã invulneráveis a ataques físicos, ou seja, eles não podem sofrer ferimentos no corpo.